مقایسه پروفایل تنوع CNV در ژنوم گوسفند با گاو هلشتاین
نویسنده
چکیده مقاله:
هدف از این پژوهش مقایسه CNV در تعدادی از نژادهای گوسفند ایتالیا با گاو هلشتاین بود. از 580 راس گاو نر هلشتاین و 360 راس گوسفند نمونه خون تهیه و DNAآن استخراج شد. ژنوتیپ چند شکلیهای تک نوکلئوتیدی سراسر ژنوم با تراشه 50k گاوی و گوسفندی در هر دو گونه تعیین شد. با استفاده از نرم افزار PennCNV تعداد 904 تنوع با میانگین طول kb 7/154 و میانه kb 7/103 در گوسفند و 744 مورد با میانگین طول kb 7/213 و میانه kb 5/124 در گاو شناسایی شد. کل طول این تنوع در ژنوم گوسفند Mb 5/8 و در ژنوم گاو Mb 80 بود. پس از ترکیب نواحی مشابه تعداد 35 ناحیه تنوع پر تکرار در ژنوم گوسفند و 141 مورد در ژنوم گاو شناسایی شد، فقط 20 درصد نواحی CNV در ژنوم نژادهای گوسفند با ژنوم گاو هلشتاین همپوشانی داشت. علاوه بر این، نواحی این تنوع در ژنوم گوسفند با 40 ژن مرجع و 62 QTLدر ژنوم گاو، و 110 ژن مرجع در ژنوم انسان بطور کامل یا جزئی همپوشانی داشت. توزیع تنوعها در هر دو گونه در نواحی سابتلومریک و پری سانترومریک بیشتر بود. بر اساس این نتایج، شاید بتوان از روی پیوستگی این تنوع با نواحی ژنی در ژنوم گاو ژنها و QTLهای ژنوم گوسفند را شناسایی نمود. برای کسب نتایج دقیقتر مطالعات بیشتری نیاز است.
منابع مشابه
اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملبیان افتراقی ژن گاوهای بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) با استفاده از داده های RNA-Seq
این پژوهش با هدف تعیین مقایسه افتراقی پروفایل بیان ژن در دو زیرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم نمونهای از هریک از جمعیتهای گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکانیابی خوانشهای کوتاه mRNA تشکیل شد. این خوانشها قبلاً با استفاده از فناوری توالییابی نسل جدید به‌صورت دادههای RNA-Seq تولید شده بودند...
متن کاملبررسی تنوع گونه‌ای و فراوانی کنه‌های سخت (خانواده : ایکسودیده) انگل گاو و گوسفند در استان مازندران
هدف این مطالعه، بررسی میزان تنوع گونه ای و فراوانی کنه های سخت در دام های( گاو– گوسفند )استان مازندران می باشد. برای این منظور چهار منطقه( شهرستان)استان ( نور- آمل – بابل و ساری) انتخاب و نمونه گیری بصورت ماهیانه و در طول یک سال انجام گردید. در مجموع 2712 عدد کنه از سطح بدن دام ها جمع آوری شده است که شامل 13 گونه کنه سخت می باشد. این گونه ها عبارتند از: Rhipicephalus annulatus 77/35% ، Rhipicep...
متن کاملبیوتکنیک فیستول گذاری شکمبه در گاو هلشتاین
هدف پژوهش، دسترسی مستقیم به اکوسیستم شکمبه گاو هلشتاین میباشد. آزمایش با دو راس گاو هلشتاین ماده (دو ساله با وزن تقریبی20±670 کیلوگرم) در مزرعه دانشکده کشاورزی دانشگاه ایلام، شروع و سپس فیستول پلاستیکی اصلاح شده، از جنس پلی اتیلن و دارای بدنه، پولک داخلی، پولک خارجی، مهره و درپوش ساخته شدند. قطر داخلی بدنه و پولک داخلی فیستول بترتیب 10 و20 سانتیمتر و متناسب با شکمبه گاوهای هلشتاین، تعیین شدند. ...
متن کاملشناسایی تنوع ژنتیکی در دو ژن کاندیدا TLR2، TNFα و ارتباط آن با بیماری ورم پستان در گاو هلشتاین
Mastitis is one of the most common diseases in dairy cattle, which has imposed therapy heavy costs to farmers through significant reduction in total milk production. Identification of nucleotide polymorphism of two candidate immunity response genes and its effects on SCS as a mastitis incidence indicator was carried out in this research. The genes were exons 1 and 2 of TLR2 and 3 and 4 of TNFα....
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 19 شماره 1
صفحات 47- 58
تاریخ انتشار 2017-04-21
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023